Se cree que se originó en el año 900 antes de Cristo en la tribu de los Maninka, que significa personas de Mande. Mande se situaría, en la actualidad, aproximadamente en Mali, no en vano Mali es una deformación de las palabra Mande y Malinke (esta ultima sinónimo de Maninka). Se cree que fue creado por los Numu, artesanos talladores de madera, que eran considerados los guardianes de cierto poderes. Ellos se encargaban de esculpir el cuerpo de los djembés y de tocarlos. 
   Al djembé se le conoce en esos lugares como el tambor curativo por su gran poder, se usaba en ritos sagrados, nacimientos, bodas y funerales, acompañado de otros instrumentos como el dunumbá, el balafon o el shekere. Los ritmos originales del djembé han ido cambiando a lo largo del tiempo, adaptándose a los tiempos modernos e integrándose con otros tipos de música. La forma en que ritmos como el SUNU o el DOUNDUMBA se han transmitido de generación en generación durante siglos, ha sido mediante el complejo sistema silábico y vocal de las lenguas africanas. Los maestros cantaban los ritmos a sus alumnos y estos los practicaban.

La primera expansión se produjo en el siglo XVIII por la tribu Diola que eran comerciantes. Pero fue en 1950 cuando el djembé se dio a conocer por todo el mundo gracias a la gira que realizaron Les Ballets Africains del guineano Fobeda Keita; y mas tarde con Le Ballet Djoliba con Mamady Keita. Estos grupo, principalmente, tuvieron un impacto considerable e hicieron que el djembé se conociera más allá de sus fronteras tradicionales. En la actualidad son muchos los solistas y grupos que han incluido en sus obras musicales temas para djembé y que usan este instrumento como un acompañamiento de percusión más.